台湾的海岸巡防署事后表示，有派出12艘舰艇，护送渔船接近钓鱼台水域。署方指事发时，载著保钓人士的“感恩99号”，驶到距离钓鱼台 23海里时，受日本七艘大型舰只包围，台湾就以六艘大型舰只在前，5艘巡逻艇在后的阵势，保护“感恩99号”，同日方对峙。而在凌晨四点几，双方更在钓鱼台18.5海里处对峙，是最靠近钓鱼台之位置。
台湾当局说，海巡署舰只并且以LED跑马灯，打出“钓鱼台为台湾海域，请勿干扰，海巡署有保护渔民活动之义务”。其后保钓人士在清晨六点多回航，日本舰只亦停止跟随。
台湾外交部发表声明，强调拥有钓鱼台主权，抗议日本对干扰台湾海巡署船只，在属于台湾领海的钓鱼台执行任务。
