自清代顾炎武提出“以经学为理学”这一口号之后，“理学空疏”就成了清代学者的共识。但顾炎武的论调还比较委婉，对朱熹也保持了适度的尊敬。在清代反对朱熹最为激烈的当数博野颜元，也就是“颜李学派”的开创者颜习斋。颜元目击明清时变，认为程朱理学培养出的“人才”只懂得“正心诚意”这一套内省式的修养方法，却完全没有经世济民的实用才具，因而对时局没有任何裨益。由这一点出发，他甚至讥讽朱熹理学是“禅学”，并将帖括（科举）、禅宗、“宋家道学”（理学）并列为“世之三大害”。
应该说，颜元的概括性批评并非无的放矢，但对于朱熹本人来说却是不相对应的。儒学的核心在于追求合理的世间秩序，历史上有责任担当的仁人志士前仆后继，“风雨如晦，鸡鸣不已”，无不是受到这种儒家价值观的激励和感召。在这一点上，朱熹和历代儒者并无二致。但理学与汉唐经学的区别在于前者以“内圣”为“外王”之本，即强调个人心性修养，以“正心诚意”的心性修养作为实际政治的根本，并试图由此入手建立和谐的世间秩序。
清代对朱熹理学的批判还有所谓“以理杀人论”。这源自于考据学家戴震在《孟子字义疏证》中的著名论断：“后儒不知情之至于纤微无憾是谓理，而其所谓理者同于酷吏之所谓法。酷吏以法杀人，后儒以理杀人。”戴震反感理学家提出的“天理”和“人欲”对立的说法，认为这种理论藐视人的自然情感，形同“酷吏之法”，从而造成了一种虚伪而残忍的社会风气，“人死于法，犹有怜之者，死于理，其谁怜之？”戴震的论断成为后人反对理学的有力口实，五四新文化运动以后，“礼教杀人”的口号更是不胫而走，以朱熹为代表的宋明理学遂成为专制和腐朽的代名词。
所谓“存天理，灭人欲”，在理学的流变过程中被严重地曲解了
“理”是理学的核心范畴，戴震在这一点上对其展开批判，可谓击中要害。但细读戴震的言论，他的批判实际上是针对“后儒”而说，其中的核心含义则是指控权势者对“理”的滥用。朱熹理学本质上强调道德理性（理）对自然情感（欲）的优先价值，但也并不完全抹杀自然情感的存在地位。如他说：“饮食者，天理也；要求美味，人欲也。”所谓“存天理，灭人欲”，更多地是指消除那种过分膨胀的私欲而非一切感性欲望。在理学的流变过程中，这一点被严重地曲解了。首先是明清时期的“道学先生”之流，虽然号称“理学家”，但已丧失了理学初起时的哲学思辨能力和社会批判精神，仅能读几本《语录》，断章取义地掇拾一些零篇碎句，将所谓“天理人欲之分”扭曲为束缚民众身心的理论教条。其次则是帝王专制有意识地推崇程朱理学，将其树立为统治臣民的工具，于是“天理”也就演变成为权势的代言人。读一读清代诸帝，尤其是雍正和乾隆的诏谕，动辄以“天理人心”指斥臣工，就明白戴震所谓“以理杀人”的具体所指了。
理学家的“理”不仅是抽象先验原则，也是政治领域中对抗君主专制权力的利器
理学的产生与宋代的政治文化密切相关，余英时的名著《朱熹的历史世界》对此有过精确的阐述。理学之“理”与其说是对中下层民众而言，不如说是对帝王执政而言。宋代理学家希望通过帝王的“正心诚意”树立良好的政治典范，而“天理”就是他们制约皇权的有力工具。余英时先生分析说，朱熹不满南渡以后南宋帝王的君权独盛，有意识地将《尚书
