“肃反”中成了独裁机关
“绿领章部队”成立后，在对外敌的斗争中曾立下了汗马功劳，但在内部的“肃反”中也产生了严重的错误。随着王明“左”倾错误在中共党内日益占据统治地位，“绿领章部队”也相应地把工作重点放到了红军内部的“肃反”上。
“绿领章部队”中的一些教条主义者，或由于“左”的思想的支配，或为自己高度膨胀的领袖欲望和政治野心家的恶劣品质所驱使，把党内的路线斗争发展成为党外对敌斗争的性质，杀害和逮捕执行正确路线的红军干部，造成了极为惨痛的损失。
一些“绿领章部队”工作人员还在“肃反”运动中大搞所谓的“纯洁运动”。他们在红军中肃出了大批所谓的“反革命”、“AB团”、“第三党”、“改组派”分子，并据此错误地杀害了一大批优秀的红军指战员，一时间使得红军内部人心惶惶，严重破坏了红军内部的团结。红军指战员对其不寒而栗，纷纷敬而远之，以至于“天不怕，地不怕，就怕特派员来谈话”成为当时红军队伍中盛行的顺口溜。
鉴于此，以周恩来为书记的中共苏区中央局曾一度作出《苏区中央局关于苏区肃反工作决议案》，严厉批评道：“肃反的组织———肃反委员会与地方政治保卫局，在一个时期内，竟成了超过党超过政权的独裁机关。”
随后，为了遏制保卫局的特殊化和神秘化，佩戴了仅一年左右的绿领章和俄文胸章被停用，但“绿领章部队”虽然被取消了绿领章，其组织结构和各级工作人员依旧存在着。
直到1935年，红军经过长征胜利到达陕北后，政治保卫局的机构才被撤销，“绿领章部队”也随之解散。虽然只有短短四年，但由于其工作性质的特殊和工作形式的神秘，被作为中国工农红军历史上唯一一支特别部队而载入史册。
