2005年5月22日，英国《独立报》披露了转基因食品巨头“孟山都”公司的一份秘密报告。据报告显示，吃了转基因玉米的老鼠，血液和肾脏中会出现异常。这则报道又引起了许多人对转基因食品安全性的担心。
根据孟山都公司就此事发表的声明和提供的相关资料，所谓“血液变化和肾脏异常”其实指的是血液成分和肾脏大小的差异，而它们都在正常范围内，并非病变。孟山都公司虽然声称由于商业秘密问题无法公布实验结果全文，但是在申请上市时，全文已提交政府有关部门审核，并获得通过。
在转基因食品安全问题上，并不存在别人无法重复的秘密实验。不管孟山都愿不愿公布结果，其他实验室都完全可以重复、验证孟山都的实验结果。对这种转基因玉米MON863，澳大利亚新西兰食品标准局（FSANZ）在2003年做过安全性评估，结论是：“在评估MON863玉米时，未发现潜在的公共健康和安全问题。根据现有申请所提供的数据以及其他途径得到的信息，源于MON863的食品可被视为与源于其他玉米品种的食品同样安全和有益健康。”该评估报告特别指出，这类抗虫害转基因作物1995年起就已在美国种植、食用。
转基因作物往往是过量地制造某种外源的蛋白质，即使无毒的话，是否能导致食用者过敏？研究人员在研究转基因作物时，已充分考虑到这个问题。
如果一种蛋白质不会导致过敏，那么制造它的转基因作物也不会导致过敏。那些会使某些人过敏的蛋白质如果被导入作物中，则有导致过敏的可能性。因此来自这些过敏原的基因将不被采用。对转基因作物制造的新蛋白质，其化学成分和结构与已知的500多种过敏原做比较，如果具有一定的相似性，也会被放弃。
大部分的过敏原都难以消化，因此转基因产生的新的蛋白质要检测是否能够被消化，如果不能，该转基因食物也不能供食用。在经过了严格的检测和管理之后，含有过敏原的转基因食物能够上市的可能性很小。如果不慎上市了，也可以补救，不会出现灾难。
并不是说一切转基因都是安全的，但是我们有理由相信，上市或准备上市的转基因食品是安全的，因为这些食品都按要求做过实验检测其安全性。一般是先做生化实验检测，看看转基因作物与同类作物相比，在成分方面出现了什么变化，这些变化是否有可能对人体产生危害，然后做动物试验，看看转基因食品是否会对动物的健康产生不利的影响。
人们主要担心的是转基因作物生产的新蛋白质会有毒副作用或引起过敏。对此，可以采取一些技术手段避免出现这种情况，让转基因食物更为安全。例如尽可能采用基因剔除技术，只把我们不想要的基因去除掉就改变了植物的性状。有时候，只增强或降低已有基因的表达也能达到我们的要求。这些做法都没有引入新的基因，因此也就不用担心新蛋白质会有问题。如果要引入新基因，可尽量转入其他可食用作物的基因，或者让转入的基因只在非食用的组织表达出来，就不用太担心它生产的新蛋白质能不能吃了。
事实上，转基因食品不仅是安全的，而且往往要比同类非转基因食品更安全。种植抗虫害转基因作物能不用或少用农药，因而减少或消除农药对食品的污染，而大家都知道，农药残余过高一直是现在食品安全的大问题。抗病害转基因作物能抵抗病菌的感染，从而减少了食物中病菌毒素的含量。
人们除了担心吃转基因食品会对身体健康有害之外，还担心种植转基因作物会危及生态环境。抗虫害转基因作物分泌的毒性蛋白，除了毒死特定的害虫，有没有可能也毒死其他生物？
1999年5月，美国康奈尔大学洛希实验室向英国《自然》杂志报告说，他们用沾有抗虫害转基因玉米花粉的草叶喂养大斑蝶的幼虫，发现这些毛毛虫生长变得很缓慢，死亡率高达44％。这项研究，被反对转基因技术的人士反复引用，他们认为转基因玉米是大斑蝶数量减少的罪魁祸首。
但是这个研究结果也备受非议，被揭露出来的问题包括：别人无法重复其实验结果，实验用的大斑蝶幼虫被强制只喂食沾转基因玉米花粉的草叶而没有其他选择，以及实验用的转基因玉米花粉含量过高。
2000年起在美国三个州和加拿大进行的田间试验都表明，抗虫害转基因玉米的花粉并没有威胁到大斑蝶的生存，在实验室里用这类花粉喂大斑蝶的幼虫，也没有发现影响其生长发育。
根据美国环境保护局的估计，草叶表面上转基因玉米花粉的数量达到每平方厘米150粒时，也不会对昆虫造成危害；而在田野中，草叶表面所沾的玉米花粉数量只有每平方厘米6到78粒。而且玉米的花粉非常重，扩散不远，在五米之外，平均每平方厘米的草叶上只有一粒玉米花粉。因此在自然环境中，转基因玉米花粉不会危害大斑蝶幼虫。大斑蝶数量减少的原因，更可能是过度使用农药和破坏了它的生态环境。
反对转基因作物的人士，还提出了“基因渗透”或“基因污染”的问题。例如，转基因作物的花粉被风或昆虫带到野草的花中，会不会使抗除草剂或抗虫害基因转入野草中，使得野草也有抗除草剂或抗虫害的能力？
如果两个物种之间亲缘关系很远，是不可能杂交的，因此这种可能性极低。2001年2月《自然》杂志发表了一项在英国进行的长达十年的研究结果，发现转基因土豆、甜菜、油菜和玉米并没有将基因污染给周围的野草。
但是如果两个物种亲缘关系很近，或者有一些共同的特征（例如染色体数目相同），则有可能产生基因交流。因此，人们担心转基因作物的基因会“污染”其同种非转基因作物，特别是其野生的亲缘物种。
这种担心有一定的道理，在学术界也很受重视。2001年11月，美国加州大学伯克利分校两名研究者在《自然》杂志发表一篇论文，宣布在墨西哥的玉米中发现了转基因玉米的一段“启动子”序列和基因序列。由于墨西哥是世界玉米多样性的中心，这个发现引起了很大的关注。
许多专家对这篇论文提出了批评，指出他们发现的“启动子”序列是他们采用的实验技术导致的人为假象，而那段“外源”基因序列在玉米中本来就有。墨西哥小麦玉米改良中心对全国各地采集来的玉米样本进行检测，都没有发现“基因污染”。2002年4月《自然》杂志发表社评认为，回过头来看这篇论文的结果不能成立，本来就不该发表。
虽然目前并无证据表明已出现了“基因污染”，但是为慎重起见，许多专家建议对转基因作物的栽种范围做出一定限制，例如不要在有野生的亲缘物种的地区种植相应的转基因作物。
相反，种植转基因作物反而有助于保护环境。化学农药的过度使用，是当前破坏环境的主要因素。推广抗虫害转基因作物，可以大大减少甚至避免化学农药的使用，既减轻了农药对环境的污染，又减少了用于生产、运输、喷洒农药所耗费的原料、能源和排出的废料。
2005年4月29日，《科学》杂志发表中美科学家合作完成的论文《转基因抗虫水稻对中国水稻生产和农民健康的影响》指出，转基因抗虫水稻比非转基因水稻产量高出6%，农药施用量减少80%，节省了相当大的开支，同时还降低了农药对农民健康的不良影响。中国每年有大约五万农民因为使用农药而中毒，其中大约有五百人死亡。
任何技术、任何作物、任何食品，都有可能带来环境或健康风险。转基因技术、转基因作物、转基因食品也不例外。所以科学组织、科学家会经常发表报告、论文评估、研究转基因技术、转基因作物、转基因食品的风险。每一种转基因技术在应用之前、每一种转基因作物在推广之前、每一种转基因食品在上市之前，要对其安全性进行评估。只要风险是可以控制、可以承受的，就不应该笼统地反对推广转基因作物，而应该具体分析每一种转基因产品，有足够的证据表明某一种转基因作物是安全的，就可以推广。
转基因技术与传统育种技术（例如杂交、诱变育种）相比，有其独特性，比如，它可以打破物种的界限，将动物、微生物基因转入植物中。但是，不同物种的基因的化学性质都是一样的，调控机理也相似，所以这种操作并不会产生“违背自然规律”的怪物。
从总体上来说，转基因技术仍是传统的育种方法的延伸，只不过比传统育种技术更为精确，更有目的性，更容易控制而已。转基因作物所面临的健康、环保问题，传统作物同样也有。
我们甚至可以说，转基因技术在某些方面要比传统的育种方法更安全可靠。传统的育种技术无法控制某个基因在哪里和如何表达，同时改变了许多基因（对此我们往往一无所知），难以检测产物对环境的影响，并且可能培育出有害健康的性状（对此我们可能一时无法觉察）。而转基因技术可以准确地控制基因的表达，只动了一个或少数几个我们已知其功能的基因，容易检测产物对环境的影响，并且如前面所述，它可以使食物更安全。人们既然并不担心传统育种技术会造成危害，就没有必要对转基因技术吹毛求疵。
“转基因食品的安全性还没有定论”，这是媒体上常见的说法。这个说法是不准确的。美国食品药品管理局（FDA）的报告指出：“FDA没有发现也不相信，正在开发中的、用于作为食品和饲料的新作物品种一般会带来安全或管理问题。”欧洲委员会的报告也指出：转基因作物并未显示出给人体健康和环境带来任何新的风险；由于采用了更精确的技术和受到更严格的管理，它们可能甚至比常规作物和食品更安全。
