谁与争锋A

某村实施村村通公路工程，某建筑公司竞标修路，此建筑公司是由A和B两老板合伙，C村委任公路建设理事长。2011年1月13号，工期完成一半时，建筑公司老板A因资金短缺向财政所借款，财政所D所长以工程应由C理事长共同借款为由，不以借款。A老板立即打电话至村委C理事长，C理事长立即来到财政所，财政所那时还有别的人F借款.当时财政所是约定5天后项目拨款后，将扣除这5万元。D所长同意借款，让C村委写了借条（借条内容：因XX公路修理中资金短缺，现向财政所借款5万元，XX村理事会，经办人C理事长）。D所长同意借款后让E所长代办理了手续，并当天开出了转账支票，把钱打在C理事长的个人账户上，A老板和C理事长共同拿到支票后，准备拿钱。但是C理事长的存折在家，A开车送C理事长回家拿，C理事长回家拿存折时被老婆发现，被埋怨不该帮人办手续借款，C理事长说是财政所要求去办手续的，都是当面办理的，并承诺5天后扣除拨款。C老婆就没有多讲。C理事长和A老板来到信用社取钱。2011年1月13号，信用社人比较多，C排队取流水号是47号，C理事长讲取5万，信用社说不行，C理事长说是工程款后，信用社说分两次取，第一次取4万，后隔一人取流水号49号，再取1万元。后将5万元给了A老板，因承诺5天还款，且办手续两人都在一起，所以没有要字据。同时回村里忘了汇报这事情。
5天后拨款下来了，财政所忘记扣款，C理事长一直以为财政所扣过了，就一直没有多问，4月，又一笔工程款下来，财政所还没有扣款，事情一直到2011年12月，财政所整理财务后发现这5万没有归还，于是通知C理事长还款，C理事长得到通知后，通知A老板还款。A老板称没有这回事，不承认一起到财政所借款的事实。
现在问题：1，财政所D所长，E所长能证明2011年1月13号两人一起来借款的事实和借款的原因。
2，当时也在场的F老板能证明A老板和C理事长一起在财政所借款。
3，A老板称假如借款会和合伙人B老板共同借款，不会一人出面，且公司财务上没有这5万元的记录。
4，财政所要账将在下一笔工程款扣钱，A老板到检察院告C理事长贪污及渎职
5，C理事长怎么处理这件事情？？？