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甲公司是乙公司的大股东，因工商局违法办理公司变更登记，剥夺了甲公司的股东地位，违法将丙公司登记为乙公司的大股东。丙公司成为乙公司的大股东后，经过一系列运作，将乙公司资产掏空。现法院已终审判决认定工商局将丙公司登记为乙公司大股东系行政违法，依法撤销了工商局的违法登记。现甲公司能否申请行政赔偿？如果能，甲公司能申请赔偿那些损失？