命令宣布之后，彭德怀在离开红3军时召开了团以上干部会，在会上讲话很激动，讲着讲着眼泪就掉了下来。他首先说明了缩编和取消3军团番号的理由，接着谈了对这支部队的感情，不过他是以自我批评的方式说出来的。据王平上将回忆，彭德怀说：“我的脾气不好，骂过许多人，请同志们批评和谅解。不过我过去对你们这些团以上干部要求很严格，有时甚至苛刻一点，这都是对你们的爱护；否则，有的同志可能活不到今天，这也可以说是‘骂’出来的吧！”对于这支带起来的部队，彭德怀还是充满了信心，他说：“红3军团从第一次反‘围剿’时的几万人，至今天长征到甘南，只剩下两千多人，让错误路线快折腾光了。今天剩下的这点人，都是精华，是中国革命的骨干和希望。你们一定要再接再厉，争取全国革命的胜利。”彭德怀的讲话，使大家对他更加敬重。但是因为时间仓促，没有很好地展开讨论，这为后面留下了一个巨大的阴影。
1935年11月3日，苏维埃中央政府决定成立中国工农红军西北革命军事委员会，任命毛泽东为主席，周恩来、彭德怀为副主席。同日，西北革命军事委员会决定，恢复中国工农红军第一方面军番号，下辖红1、红15两个军团，方面军司令员彭德怀，政委毛泽东，参谋长叶剑英，副参谋长张云逸，政治部主任王稼祥，政治部副主任杨尚昆。陕甘支队整编为红1军团，军团长林彪，政委聂荣臻。军团下辖3个师，1师师长陈赓；2师师长刘亚楼；原3军团的部队编为红4师，师长陈光，政治委员彭雪枫，参谋长陈士榘，政治部主任舒同。第10、第11、12、13大队分别编为3个团，红10团团长肖桂，政委杨勇；红11团长邓国清，政委王平；红12团团长文年生，政委苏振华。军团还直属两个独立团，由陕北红军和13大队编成。这次整编以后，再也没有再恢复红3军团番号。
红军整编，原3军团干部与1军团干部之间产生矛盾
整编的命令颁布以后，根据中革军委命令，红1军团派了一部分干部到3军团工作。上任以后，原红1军团干部根据自己的判断，向中革军委报告要求在原3军团所属部队中整顿纪律，中革军委同意了这一建议，但是，却引起了原红3军团官兵的极大反感。王平回忆说：“整编时，从中央和红一军团调了一部分干部到第二纵队担任领导工作，这部分干部对红三军团的干部战士印象不好，看不起三军团的同志。从哈达铺到吴起镇一千多里的急行军中，二纵队一方面要同尾追的敌人打仗，一方面还要部队不断整顿纪律，弄得干部情绪不高，部队苦不堪言。”他的这一说法在彭德怀、黄克诚、张爱萍等人的回忆录中得到了印证。
都是红一方面军中的干部，两支部队已经在红一方面军的大旗下共同战斗了5年，为什么红一军团的干部会对红3军团的干部战士印象不好而要求对他们进行纪律整顿呢？后来位列开国大将的黄克诚和位列上将的王平认为可能有3个原因：
一是红3军团当时确实比较窘迫。据王平回忆：红3军团在过草地以前，由于去黑水迎接红四方面军主力，战线拉得很长，结果没有获得其他部队那么长的整训和物资准备时间。过草地时担任后卫，困难就更多一些。所以到哈达铺的时候分外狼狈，人人衣衫褴褛，除了枪支弹药外，就背着一个烧得黑黝黝的脸盆或喝水的缸子，像叫花子一样。在哈达铺休息时间太短，体力没有得到应有的恢复，接着又长途时军，掉队人员增多，部队情绪不是很高。
二是红1军团干部不习惯红3军团的作风。据黄克诚回忆：那时在红军出了草地之后，中央派红1军团的几位领导干部到红3军团工作。红3军团在彭德怀同志的言传身教下，始终保持着艰苦朴素的本色，尤其是在长征途中极端困难的条件下，上下一致，官兵平等，领导的伙食和士兵一样，共同过着艰苦的生活。而从红1军团过来的领导干部却有时自顾改善伙食，让红3军团的人看不惯。
第三个原因是原红1军团的干部对原红3军团干部的不尊重。王平上将曾经讲过这样一件事：在哈达铺整编以后，从原红1军团调到第2纵队的团干部在各大队担任副职或政治处主任、总支书记等。这样安排是有用意的，是准备将来接替红3军团那些需要“重新武装头脑”的干部的。11大队政治处主任(据笔者考证，当时11大队没有编政治处主任，只有党总支书记)，就是从1军团来的，大队的许多事情，他不向王平报告就直接向纵队汇报，有时还拿纵队的指示来压王平。他抓整顿纪律很积极，连长阮亭的连里有两个战士开了小差，他就提出应该开大会批斗阮亭，王平不同意，他就直接向纵队领导汇报。纵队领导打电话找王平，王平很生气，在电话中讲：“是政委领导主任，还是主任领导政委？要么把我调走，要么让他当政委，我当主任，我服从他的领导，像现在这样，这个政委我当不了。”纵队司令员彭雪枫知道后对王平说：“你们还是开个会，把开小差的问题讲讲。”谁知在会上意见分歧，连长阮亭反倒被抓了起来。
