当马衡为保护故宫文物、消极抵制南迁时，即将南飞的图书馆馆长袁同礼，不明就里，还打算与第一批古物一起走。在南飞之前，他特意打电话给马衡，强调第一批装箱文物如果赶得上就一起走。马衡回答说：“第一批装不完，你先走吧，当然还要另派专人押运古物。”
马衡对实行内战、独裁和卖国政策的国民政府失望至极，他对幼子马文冲说：“抗战胜利，失地收复，中国一跃而为世界五强之一，正是中华民族百年难遇的复兴良机，然而国民党没有为国为民抓住这一机运，从接收到内战，其所作所为，无一着不是违背民意，徒逞私心，因而未及四年，就把国家拖到绝境。”
就在此时，中国*通过关系联系上马衡，请他保护好故宫文物。1948年秋，中共中央华北局城工部致函时任民盟中央委员并参加民盟北方区委和北平市支部工作的刘清扬，请她开列一份平、津地区可以联系的进步人士名单。刘清扬遵嘱办理，开列了一分长达五页纸的名单，其中就有马衡。刘清扬在信中写道：“故宫博物馆的马衡院长，要马院长能安定地保护那些古物不受损失，最好由马彦祥同志给他令尊去封信，定然可以发生效力。”
马彦祥是马衡的次子，时任华北人民政府教育部戏剧音乐工作委员会主任委员兼石家庄戏剧音乐工作委员会主任。马衡在与马彦祥的联系中了解到了中国*保护文物的政策，于是决定留下来服务新中国。北平围城期间，马衡在会上对工作人员说：“*是爱护文物的，是解放北平。*的政策是惩办坏人，我们没事，大家要安心工作。我本人决不离开北平，和大家在一起，保护故宫的安全。”
与马衡一样消极抵制南迁的还有朱家、李鸿庆、杨宗荣、汤有恩等人。他们先把文物编目报上去，然后借口说正在准备，观望拖延。北平和平解放后，朱家问马衡：“是不是本意就不打算空运古物？”马衡微笑着说：“我们彼此会心不远吧。”后来，马衡告诉朱家：“我的儿子马彦祥在解放区，早就设法联系过我。所以我决定不走，并且尽可能使空运古物不成事实。”朱家也告诉马衡说：“我早就接到一封从本市兴隆街发来的信，拆开才知道是中共城工部（应为中共中央华北局城工部--笔者注）的信，大意是命我坚守岗位，保护文物。”二人真可谓是同道同途却不“相识”，大家都为抵制文物南迁而暗中使力。但朱家也承认，如果不是马衡院长带头拖延，他们这些做具体工作的人无论怎么努力也无济于事。
1949年3月6日，北平市军管会正式接管故宫，马衡仍任故宫博物院院长，全体员工原职留任。这一天，故宫新生了，马衡的生命也注入了新的活力。历史已经证明并将继续证明，马衡的选择是正确的！
马衡视文物为至宝，毕生致力于图书、文物的搜购工作，花钱从不吝惜，收集的图书、文物、书画、碑帖等，堆放了足有四大间屋子。马衡对他的子女说：“这类文物我是绝对不舍得变卖的，也不准备传给子女后代。传给你们，发挥不了它应有的作用，对你们没有用处。这是祖国的文化遗产，应当归于国家保存，才能起到它最大效用。” 1955年，马衡去世。子女遵嘱将其所遗数十万言文稿及历年所藏文物1.4万余件（册）悉数无偿地捐给了国家，捐给了与他生命联结在一起的故宫博物院。
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